כל תוכנית של שופיפיי מגדירה חבילה שונה של יכולות: ככל שהתוכנית גבוהה יותר, עמלת העסקה קטנה יותר, מספר חשבונות הצוות המותרים גדול יותר, ויכולות כמו דוחות מתקדמים, מחירי B2B, ו-Duty and Import Taxes הופכות לזמינות. תוכנית Shopify Plus היא רמה נפרדת לגמרי — חוזה ייעודי, מחיר מוסכם, וגישה לתכונות כמו Checkout extensibility מלאה ו-organization admin.
בחנות ישראלית כדאי לשים לב שעמלת העסקה של שופיפיי מתווספת על גבי עמלת ספק הסליקה המקומי — חשבון הזה שווה לעשות לפני שבוחרים תוכנית. לדוגמה, מעבר מ-Basic ל-Shopify מוריד את עמלת Shopify ב-0.6%, מה שיכול להחזיר את עצמו במהירות בחנות עם מחזור חודשי של עשרות אלפי שקלים.