ב-Shopify מערכת הצבעים של החנות מחולקת לשניים: Accent colors שמיועדים לרכיבים אינטראקטיביים כמו קישורים ואינדיקטורים, ו-Brand colors שמשמשים לכפתורים — הכפתור הראשי (Primary) והמשני (Secondary). ההפרדה הזו מאפשרת לשמור על עקביות ויזואלית בכל נקודות המגע של הלקוח, מדפי הקולקציה ועד לקופה.
בחנויות ישראליות כדאי לזכור שצבעי המותג מוחלים גם על Checkout — ולכן שינוי ב-Brand colors בעורך התבנית ישפיע גם על עמוד התשלום. בנוסף, כשמשתמשים ב-Color schemes (סכמות צבע) לאזורים שונים בדף, חשוב לבדוק שצבעי הכפתורים עומדים ביחס ניגודיות נגיש (WCAG AA) על כל רקע — ורוד בהיר על לבן עלול להיכשל בבדיקת נגישות.