Shopify מציעה שתי גרסאות של חשבונות לקוח: הגרסה הקלאסית (Legacy customer accounts) שמבוססת על סיסמה, והגרסה החדשה (New customer accounts) שמשתמשת בקישור כניסה חד-פעמי (passwordless login) שנשלח למייל. הגרסה החדשה מהירה יותר לאימות, מפחיתה נטישה בהרשמה, ותומכת בהרחבות דרך Customer account extensions — בלוקים מותאמים שאפשר להוסיף לדפי החשבון.
בחנויות ישראליות חשוב לשים לב שדפי חשבונות הלקוח מתנהגים אחרת מעמודי החנות הרגילים: הם אינם ניתנים לעריכה דרך עורך התבנית הרגיל, ותמיכת RTL בעברית תלויה בגרסה שבחרתם. הגרסה החדשה בנויה בצורה מודרנית יותר עם RTL טוב יותר, בעוד שהגרסה הקלאסית עשויה לדרוש התאמות CSS נוספות לתצוגה עברית תקינה.