ב-Shopify אפשר ליצור חבילות דרך האפליקציה הרשמית Shopify Bundles (חינמית) או דרך אפליקציות צד שלישי. המלאי של החבילה מנוהל לפי המלאי הכולל של הרכיבים ולא לפי מיקום מחסן ספציפי — כלומר אם רכיב אחד אזל, החבילה כולה לא זמינה. עדכון מחיר של רכיב בודד לא מעדכן אוטומטית את מחיר החבילה, מה שעלול לגרום לחוסר עקביות בין עמוד החבילה לעמודי המוצרים הבודדים.
בחנות ישראלית כדאי לדעת גם שחבילות לא מופיעות תחת מסנני אפשרויות באפליקציית Search and Discovery של שופיפיי — לקוחות שמסננים לפי צבע, מידה או חומר לא יראו את החבילה בתוצאות. בנוסף, טיפול בהחזרות חלקיות (רכיב אחד מתוך החבילה) דורש פתרון ידני או אפליקציית החזרות ייעודית, ולכן כדאי לקבוע מדיניות ברורה לפני השקת חבילות בחנות.