ב-Shopify POS כל משמרת מתחילה ב-Cash tracking session: הקופאי מזין סכום פתיחה, ומשם המערכת עוקבת אוטומטית אחרי כל תנועת מזומן — מכירות, החזרות, הוצאות (pay-out) והפקדות (pay-in). בסיום המשמרת הקופאי סופר את המזומן הפיזי בקופה, מזין את הסכום בפועל, ו-Shopify מחשבת את הפער מול הצפוי. הנתונים נשמרים בדוח Cash tracking ומאפשרים לזהות טעויות או אי-התאמות.
בנקודות מכירה בישראל, שבהן תשלום במזומן עדיין נפוץ, ניהול קופה מסודר הוא גם דרישה רגולטורית — תנועות מזומן חייבות להיות רשומות ומתועדות לצרכי ביקורת מס. כדאי לוודא שכל pay-out (משיכת מזומן לצרכי החנות) מקבל תיאור ברור בעברית, כדי שהנה"ח תוכל לשייך אותו לסעיף ההוצאה הנכון.