בסיום משמרת מנהל הקופה מכניס ל-Shopify POS את הסכום שנספר בפועל בקופה — זו יתרת הסגירה. המערכת מחשבת מה הסכום הצפוי לפי יתרת הפתיחה (Opening balance) ועל ידי כל תשלומי מזומן שהתקבלו ועל ידי כל החזרי מזומן שניתנו במהלך המשמרת. ההפרש בין הצפוי לנספר נרשם כ-Discrepancy (פער) ומופיע בדוח Register summary.
בחנויות פיזיות ישראליות שעובדות עם Shopify POS, יתרת הסגירה היא גם מסמך הנהלת חשבונות חשוב: הפרשים חוזרים עלולים לאותת על טעויות קופאי, עודף שנשכח, או חוסרים שדורשים בירור. מומלץ להדפיס את ה-Register summary בסיום כל משמרת ולשמור עותק לצרכי ביקורת.