בסוף כל משמרת ב-Shopify POS הקופאי סופר את המזומן הפיזי במגירה ומזין את הסכום במסך ה-Register summary. המערכת מחשבת אוטומטית את הסכום הצפוי לפי יתרת הפתיחה (Opening balance) בתוספת כל תשלומי המזומן ובניכוי החזרי מזומן. אם קיים הפרש בין הצפוי לנספר — חיובי או שלילי — Shopify מציגה אותו כ-Discrepancy ומתעדת אותו ב-Register summary לצורך ביקורת.
בחנות פיזית ישראלית שמפעילה POS, תיעוד הפערים הוא קריטי הן לניהול פנימי והן לצרכי מס: רשות המסים מצפה לרצף קופה תקין ללא פערים בלתי מוסברים. מומלץ להגדיר מדיניות ברורה — כל פער מעל סכום מסוים חייב להיות מלווה בהסבר כתוב מהקופאי — ולנצל את ה-Staff PIN כדי לשייך כל משמרת לעובד ספציפי.