ב-Shopify מערכת הצבעים מחולקת לשני שכבות: Global colors (צבעים גלובליים) שחלים על כל התבנית או הקופה, ועד ארבע Color schemes (סכמות צבע) שמאפשרות לתת מראה שונה לאזורים שונים בעמוד — למשל כותרת עליונה כהה ופוטר בהיר. בתוך כל סכמה Shopify מפרידה בין Accent colors (צבעי הדגשה לרכיבים אינטראקטיביים כמו קישורים) לבין Brand colors (צבעי מותג לכפתורים ראשיים ומשניים).
בחנות עברית חשוב לבדוק שצבעי הדגשה עומדים ביחסי ניגודיות (contrast ratio) תקינים גם על רקע RTL — כיוון שהעין הישראלית קוראת מימין, כפתורי CTA ממוקמים לרוב בצד ימין ומקבלים יותר תשומת לב ויזואלית. בנוסף, שינוי צבעים ב-Checkout דורש גישה לעורך הקופה (Checkout editor) ולא לעורך התבנית הרגיל, ולכן יש לוודא שסכמת הצבעים עקבית בין שני הממשקים.