ב-Shopify cookies פועלות בכמה רבדים: cookies ראשוניות (first-party) ששמות זיהוי סשן ועגלה תחת הדומיין של החנות עצמה, וcookies שלישיות (third-party) ששייכות לפיקסלים (Meta, Google), לאפליקציות מוטמעות ולכלי אנליטיקה. הדפדפנים המודרניים חוסמים יותר ויותר third-party cookies, ולכן Shopify מעודדת מעבר ל-Customer Events API ולפיקסלים מבוססי שרת (server-side).
בהקשר של תת-דומיין או דומיין מותאם, cookies הן נקודת כשל נפוצה: cookie שהוגדרה תחת `www.example.com` לא תהיה גלויה ל-`shop.example.com` אם לא הוגדר `domain=.example.com` מפורש. בחנות ישראלית שעברה מיגרציה לדומיין חדש או הוסיפה תת-דומיין, כדאי לבדוק שעגלת הקניות, זיהוי הלקוח המחובר, ופיקסל ה-Meta לא קורסים עקב אי-התאמת דומיין.