מבחינה טכנית, תת-דומיין מוגדר כרשומת CNAME ב-DNS של הדומיין הראשי ומצביע על כתובת השרתים של Shopify (`shops.myshopify.com`). כל חנות Shopify מקבלת ממילא תת-דומיין קבוע בפורמט `store-name.myshopify.com`, אך סוחרים בדרך כלל מגדירים תת-דומיין על הדומיין הממותג שלהם — למשל `store.mybrand.co.il` — ומנתבים אותו לחנות.

בחנויות ישראליות עם מספר שווקים (Shopify Markets), תת-דומיינים הם שיטה נפוצה להפריד בין גרסאות שפה: `il.example.com` לעברית ו-`en.example.com` לאנגלית. זה מאפשר ל-Google לאנדקס כל שוק בנפרד ומשפר SEO רב-לשוני. חשוב לוודא שאישור ה-SSL (TLS) מכסה את כל תתי-הדומיינים — Shopify מנפיקה אישור אוטומטי רק לדומיין/תת-דומיין שמוגדר כראשי בהגדרות החנות.