ארגון ב-Shopify הוא השכבה שמעל החנות הבודדת: הוא מכיל חנות אחת או יותר, מאגר משתמשים משותף, והגדרות גלובליות כמו Shopify Plus בילינג. יצירת ארגון נחוצה כשעוסק או רשת רוצים לנהל מספר חנויות (למשל חנות B2C, חנות B2B, וחנות לשוק בינלאומי) תחת אותה ישות עסקית, בלי להתחבר לכל חנות בנפרד.
בהקשר ישראלי, ארגון רלוונטי במיוחד לרשתות קמעונאיות שמפרידות בין חנות מקומית לחנות יצוא, או לסוכנויות ושות"פים שמנהלים מספר לקוחות תחת Shopify Partners. חשוב לדעת שיצירת ארגון היא פעולה בלתי הפיכה בקלות — שם הארגון ומבנה החנויות תחתיו משפיעים על הבילינג ועל הרשאות המשתמשים, לכן כדאי לתכנן את ההיררכיה לפני שלוחצים Create.