Shopify מציעה ניהול לקוחות בסיסי דרך Customers tab, אבל לצרכים מתקדמים (CRM שמטפל גם בלידים שלא הפכו ללקוחות, סנכרון עם דוא״ל ב-Outlook, אוטומציות מורכבות), חיוני CRM חיצוני. אפליקציות מסנכרנות לקוחות בין שופיפיי לבין CRM.

בחנות ישראלית B2B עם תהליך מכירה ארוך (לקוחות שמדברים בטלפון לפני שקונים), CRM הוא חיוני: לעקוב אחרי לידים, להזכיר לעשות follow-up, ולתעד שיחות. Pipedrive ($15-30/חודש) מתאים לעסקים קטנים, HubSpot חינמי לבסיסי.