כל חנות Shopify מקבלת בהתחלה כתובת `[שם-החנות].myshopify.com` — זו כתובת קבועה שלא ניתן לשנות ושנשארת תמיד פעילה ברקע. דומיין מותאם הוא שם שרכשתם אצל רשם דומיינים (כמו GoDaddy, Google Domains, או ספק ישראלי), ואז הפניתם ב-DNS ל-Shopify. ניתן לחבר כמה דומיינים לאותה חנות, אבל רק אחד יוגדר כ-primary domain שאליו כל השאר מפנים.
בהקשר של חנויות עם Shopify POS בישראל, הדומיין המותאם רלוונטי גם ברמת הרשת: חומות אש ומסנני תוכן ברשת העסקית עשויות לחסום קריאות ל-`myshopify.com` אך לאפשר את הדומיין הפרטי, או להפך. לכן בעת הגדרת רשת לנקודת מכירה פיזית חשוב לאפשר גישה גם לדומיין המותאם וגם לכתובות הבסיסיות של Shopify כדי למנוע נפילות חיבור בזמן מכירה.