ב-Shopify POS ניתן להוסיף Custom fee ישירות מתוך מסך העגלה — מזינים שם לחיוב, סכום (קבוע או אחוז), ובוחרים אם הוא חייב במע"מ. החיוב מופיע בפירוט ההזמנה כשורה נפרדת ונשמר בדוח ה-Admin כמו כל פריט אחר, מה שמאפשר לעקוב אחריו בדיווח מכירות.
בחנות פיזית בישראל חשוב לשים לב להגדרת מע"מ של כל Custom fee: חיוב שגוי (ללא מע"מ כשצריך להיות עם) עלול ליצור אי-התאמה בין הקבלה ובין הדוחות החשבונאיים. מומלץ להגדיר מראש את הסוגים הנפוצים של עמלות כמוצרים ייעודיים ב-Admin עם מחיר 0 שניתן לשנות בקופה, כדי להבטיח אחידות במיסוי ובדיווח.