Custom sale מיועדת למצבים חריגים: שירות חד-פעמי, תיקון, עמלה ידנית, או מוצר שטרם נוסף לקטלוג. יוצרים אותה ישירות ממסך הקופה ב-Shopify POS על ידי הוספת פריט עם שם ומחיר חופשיים. ההזמנה נרשמת ומעובדת כרגיל — כולל תשלום וקבלה — אבל הפריט לא מקושר לאף SKU, וריאנט או רשומת מוצר בחנות.
הבעיה המרכזית היא שמכירה מותאמת לא מנכה מלאי, לא מופיעה בדוחות מוצרים לפי שם אמיתי, ולא מצטברת לביצועי קולקציה. בחנות פיזית ישראלית שמנהלת מלאי ב-Shopify POS, שימוש תכוף ב-Custom sale במקום הוספת המוצר כראוי לקטלוג יוצר עיוותים בספירות מלאי ובדוחות מכירות לרואה חשבון.