בארכיטקטורת custom storefront, הצד החזיתי (frontend) מנותק לחלוטין מהתבנית המנוהלת דרך Theme Editor — המפתח בונה את כל עמודי הקטלוג, עמוד המוצר, עגלת הקניות ותהליך ה-Checkout בעצמו, ומשתמש ב-Storefront API של Shopify כמקור הנתונים. Shopify ממשיכה לנהל מוצרים, מלאי, הזמנות ותשלומים בקצה האחורי. הגישה הזו נקראת לרוב headless commerce.
בחנות ישראלית, בחירה בחזית מותאמת מעלה כמה שיקולים: RTL ועיצוב עברי מלא בידיים של המפתח, ללא תמיכה אוטומטית מהתבנית; תמיכה במנויים (subscription products) דורשת אינטגרציה מפורשת עם אפליקציית מנויים תואמת Storefront API; ועלויות פיתוח ותחזוקה גבוהות משמעותית מחנות רגילה. מומלץ לשקול headless רק כאשר יש דרישות UX שאי אפשר לממש בתבנית רגילה.