מוצרים במנוי ב-Shopify לא עובדים מהקופסה — הם דורשים שילוב של שלושה רכיבים: אפליקציית מנויים מאושרת (כמו Recharge, Seal Subscriptions, Loop), שער תשלום שתומך ב-recurring billing (Shopify Payments, Braintree ואחרים), ומדיניות ביטול ברורה שמוצגת ב-Checkout. האפליקציה היא שמנהלת את לוח הזמנים של החיובים, את ה-customer portal שבו הלקוח מנהל את המנוי, ואת הבקשות ל-API לחיוב חוזר.
בחנות ישראלית מנויים מציבים אתגרים נוספים: רוב ספקי הסליקה המקומיים (עסקות, קארדקום) אינם תומכים ב-Shopify Subscriptions API, ולכן צריך לעבוד עם Shopify Payments (שהושק בישראל) או עם גשר ייעודי. בנוסף, חוק הגנת הצרכן הישראלי מחייב מדיניות ביטול נגישה ופשוטה — חובה לבדוק שהאפליקציה שנבחרת מאפשרת ביטול עצמאי ללקוח ללא פנייה לשירות לקוחות.