לכל חנות שופיפיי יש לפחות דומיין ברירת מחדל בפורמט `your-store.myshopify.com` שלא ניתן להסיר. מעליו אפשר לחבר דומיין ראשי (Primary domain) — זו הכתובת שהלקוחות רואים בדפדפן. כל שאר הדומיינים המחוברים יכולים לשמש כ-redirects (הפניות) לדומיין הראשי, כתת-דומיינים לחנויות B2B, או כדומיינים ייעודיים לשוק בינלאומי (Markets) שמפנה לגרסת שפה/מטבע שונה של אותה חנות.
בחנות ישראלית הטעות הנפוצה היא לחבר דומיין `.co.il` מספק חיצוני (כגון GoDaddy, Register.co.il) ולהגדיר אותו כדומיין ראשי, אבל לשכוח לוודא שה-`myshopify.com` מפנה לו ולא להפך. בנוסף, אם משתמשים ב-Shopify Markets עם דומיין נפרד לשוק ה-EN, חשוב לוודא שה-hreflang מוגדר נכון כדי שגוגל לא יסמן את שני הגרסאות כתוכן כפול.