Shopify תומכת בשני סוגי הפניות עיקריים: 301 (הפניה קבועה, מעביר את "משקל ה-SEO" לכתובת החדשה) ו-302 (הפניה זמנית, לא מעביר סמכות). ניתן ליצור הפניות ידנית אחת-אחת ב-Online Store → Navigation → URL Redirects, או לייבא קובץ CSV עם מאות שורות בבת אחת. Shopify גם יוצרת הפניות אוטומטיות כאשר משנים slug של מוצר או קולקציה.
בעת החלפת דומיין ראשי לחנות ישראלית חשוב לכסות לפחות ארבעה מקרים: גרסת `www` ובלי `www`, הדומיין הישן עם ובלי HTTPS, עמודי מוצר ספציפיים שקיבלו קישורים חיצוניים, ועמודי מדיניות (ביטולים, פרטיות) שמוזכרים בחשבוניות. כל הפניה חסרה היא הזמנה ל-404 שפוגע גם בחוויית המשתמש וגם בדירוג בגוגל.