כשסוחר מחבר דומיין לחנות שופיפיי הוא נתקל בשורה של מושגים: A record (רשומת כתובת IP), CNAME (כינוי לדומיין אחר), TTL (זמן קיום הרשומה בזיכרון מטמון), nameservers (שרתי שמות שקובעים מי מנהל את ה-DNS), ו-SSL/TLS (הצפנת HTTPS). כל אחד מהם הוא הגדרה עצמאית שמשפיעה על הניתוב, המהירות והאבטחה של החנות.
בישראל סוחרים רבים רוכשים דומיין `.co.il` דרך ספקים מקומיים כמו GoDaddy IL, Domains.co.il או האחים. החיבור לשופיפיי נעשה בדרך כלל על ידי שינוי ה-CNAME של `www` לכתובת `shops.myshopify.com` ורשומת A לכתובת ה-IP של Shopify — תהליך שיכול לקחת עד 48 שעות עד שמתפשט בכל שרתי ה-DNS העולמיים.