כשסוחר נכנס להזמנה ב-Shopify Admin ובוחר Collect payment, הוא יכול לבחור בין חיוב כרטיס שמור (vaulted credit card) לבין הזנת כרטיס חדש. בנתיב של Enter credit card מוזנים מספר הכרטיס, תוקף, CVV וכתובת חיוב — הכל עובר דרך הצפנת PCI של Shopify ולא נשמר על שרתי הסוחר. האפשרות הזו שימושית במיוחד בהזמנות טלפוניות, עסקאות B2B, או כשהלקוח שולח פרטים בצורה ישירה.
בחנויות ישראליות שעובדות עם ספקי סליקה מקומיים (כמו פאי או Cardcom) חשוב לוודא שספק הסליקה שמחובר ל-Shopify תומך בגביה ידנית מהאדמין ולא רק בתשלום דרך החנות. לא כל ספק סליקה מקומי מאפשר את הנתיב הזה — בדקו מול ספק הסליקה לפני שמבטיחים ללקוחות גביה טלפונית.