ב-Shopify ניתן לייצא נתונים פיננסיים ישירות מה-Admin תחת Reports ומתוך תהליך ייצוא הנתונים הכללי של החנות. הקובץ כולל סיכומי עסקאות, עמלות Shopify Payments, החזרי כספים, תשלומים שהתקבלו ממגוון ספקי סליקה, ותנועות של גיפט קארדים. הנתונים מאורגנים לפי תקופה ומאפשרים פיוס (reconciliation) מול חשבון הבנק.
לחנויות ישראליות ייצוא Financial data הוא נקודת מוצא — אך לא תחליף — לדיווח לרשות המסים. הנתונים מ-Shopify לא כוללים מסמכי חשבונית ישראליים תקניים ולא מחושבים לפי כללי מע"מ מקומיים. כדי לעמוד בדרישות חוק, חנויות ישראליות משלבות את הייצוא עם אפליקציית חשבוניות מקומית (כגון iCount, גרין-אינווייס, או Invoicify) שמייצרת את מסמכי החובה.