בעבר, כל לוגיקה עסקית מותאמת אישית (למשל: הסתרת שיטת תשלום מסוימת ללקוחות מאזורים מסוימים, שינוי שם אפשרות משלוח, חישוב הנחה מורכבת) חייבה שרת חיצוני שמגיב ל-Webhook. Shopify Functions שינתה את הכיוון: הקוד (שנכתב ב-Rust או JavaScript ומהודר ל-WebAssembly) רץ בתוך ה-pipeline של Shopify בעצמה, בזמן אמת, ללא השהיה של רשת. זה מה שמאפשר למשל ל-Checkout Blocks להציג לוגיקת "הסתר שיטת משלוח לפי תנאי" בצורה חלקה.
בחנות ישראלית Shopify Functions שימושיות במיוחד לניהול שיטות משלוח (להסתיר 'משלוח בינלאומי' כשהכתובת היא ישראל), להסתיר ספקי סליקה שאינם רלוונטיים (למשל PayPal בקופה שפונה לקהל ישראלי בלבד), ולחישוב הנחות B2B מורכבות. חשוב לדעת שפיתוח Functions דורש Shopify Partners account ו-CLI — אי אפשר לכתוב אותן ישירות מה-Admin.