בכל חנות שופיפיי, כל שיטת תשלום שמוצעת ללקוח נשענת על payment provider (ספק תשלום) שמעבד את העסקה מאחורי הקלעים. ספק התשלום קובע שלושה דברים קריטיים: את העמלה שנגבית מכל עסקה, את הכללים לגבי סוגי מוצרים שמותר למכור דרכו (למשל חלק מהספקים אוסרים מוצרי CBD או נשק), ואת לוח הזמנים שבו הכסף מגיע לחשבון הבנק של העסק. ב-Shopify Payments העמלות נמוכות יותר כי לא קיימת עמלת צד שלישי.
בישראל Shopify Payments אינו זמין נכון לעכשיו, כך שכל חנות ישראלית עובדת עם ספקי סליקה חיצוניים — פאי, טרנזילה, גרין-אינווייס, Cardcom ועוד — וחשוב להכיר שכל ספק כזה גובה גם עמלת עסקה וגם שופיפיי גובה עמלת צד שלישי נוספת. מבנה העמלות הזה יכול להצטבר לסכומים משמעותיים בנפחי מכירות גבוהים, ולכן כדאי לחשב את העלות הכוללת לפני שבוחרים ספק סליקה לחנות.