כאשר דפדפן מחפש את כתובת ה-IP של דומיין, שרת DNS עונה — אך ללא הגנה, תוקף יכול לזייף את התשובה ולהפנות תנועה לשרת זדוני. DNSSEC פותר את זה על ידי חתימה דיגיטלית של כל רשומת DNS (A, CNAME, MX), כך שהדפדפן יכול לאמת שהתשובה שקיבל אכן הגיעה מהאוטוריטה הלגיטימית של הדומיין ולא שונתה בדרך. ה-DNSSEC עצמו לא מחליף HTTPS — הוא מגן על שלב ה-DNS בלבד, בעוד ש-TLS/SSL מגן על התקשורת עצמה.
בחנות שופיפיי שמחברים אליה דומיין מותאם, DNSSEC מופעל לעיתים אוטומטית על ידי ספק הדומיין (למשל GoDaddy, Namecheap). הבעיה מתרחשת כאשר משנים CNAME או A records ב-DNS בלי לעדכן את חתימות ה-DNSSEC במקביל — הדפדפן מקבל תשובת DNS שלא תואמת את החתימה הישנה ומסרב לפתוח את הדומיין. אם החנות לא נגישה אחרי חיבור דומיין ל-Shopify, כדאי לבדוק אם DNSSEC פעיל ולהשבית אותו זמנית עד שהרשומות מתייצבות.