כשמחברים דומיין מותאם אישית ל-Shopify, הפלטפורמה מנפיקה תעודת TLS אוטומטית דרך Let's Encrypt ומחדשת אותה בעצמה לפני תפוגה. התעודה תקפה רק אם ה-DNS של הדומיין מצביע נכון לשרתי Shopify — ערך CNAME או A record תקין. כל עוד ה-DNS לא התפשט במלואו (תהליך שיכול לקחת עד 48 שעות), הסטטוס באדמין יופיע כ-SSL pending ולא כ-Connected.
בחנות ישראלית שמשנה דומיין ראשי חשוב לוודא שהתעודה הונפקה לפני המעבר. אם מגדירים דומיין ראשי בעוד הסטטוס הוא Action required או SSL pending, לקוחות שיגיעים לכתובת הראשית יראו אזהרת אבטחה בדפדפן — דבר שפוגע מיידית באמון, בהמרות, ולעיתים גם בדירוג בגוגל. בנוסף, מודעות ממומנות שמפנות לדומיין שאינו מאובטח עלולות להיחסם על ידי Google Ads ו-Meta.