כל משתמש שמוזמן מקבל אימייל עם קישור הפעלה ונדרש ליצור חשבון Shopify נפרד (או להתחבר עם קיים). בעל החנות בוחר מראש אילו חלקים באדמין יהיו נגישים לו: מוצרים, הזמנות, לקוחות, דוחות, הגדרות חנות ועוד. הרשאות ניתן לשנות בכל עת, והמשתמש המוזמן לעולם לא רואה את נתוני החיוב של החנות אלא אם הוא בעל החנות עצמו.
בחנויות ישראליות עם צוות מתחלף (לדוגמה בוטיקים שעובדים עם מעצבים פרילנסרים או סוכנויות), חשוב להגדיר הרשאות מינימליות לפי עיקרון ה-least privilege — מעצב שצריך רק לערוך תבנית לא צריך גישה להזמנות. כשנגמר שיתוף הפעולה, חשוב להסיר את המשתמש במפורש מהאדמין ולא רק להפסיק לעבוד איתו.