בעוד שכרטיסי Visa ו-Mastercard עובדים כמעט בכל מקום, כל שוק מקומי מכיר שיטות תשלום שהלקוחות בו מעדיפים: iDEAL בהולנד, Klarna בצפון אירופה, Boleto בברזיל, Interac בקנדה. Shopify תומכת בחלק מאמצעי התשלום המקומיים האלה דרך Shopify Payments, ובחלקם דרך ספקי payment gateway חיצוניים שמתחברים דרך ה-Admin.
בישראל, אמצעי התשלום המקומיים הרלוונטיים כוללים סליקה ישירה דרך שב"א (כרטיסים בישראל), תשלומים ב-PayBox, ביט, ו-PayPal בגרסתו הישראלית. מכיוון ש-Shopify Payments אינו זמין בישראל נכון להיום, חנויות ישראליות מתחברות לסליקה מקומית דרך ספקי gateway כמו פאי (Pay), Hyp (היפ), ו-Cardcom (קארדקום) — כל אחד מהם מצריך הגדרה נפרדת ב-Shopify Admin תחת Settings → Payments.