ב-Shopify ישנם מספר סוגי כניסה: בעל החנות ועובדים נכנסים דרך Admin עם אימייל וסיסמה (ומומלץ מאוד לאפשר אימות דו-שלבי), לקוחות נכנסים לחשבונם בחנות (Classic Customer Accounts או New Customer Accounts החדש), ומשתמשי POS נכנסים לאפליקציה עם אישורים ספציפיים שמשויכים למיקום ולערוץ נקודת המכירה. לכל סוג יש מודל הרשאות נפרד.
בחנויות פיזיות בישראל שמשתמשות ב-Shopify POS, כניסת עובד לאפליקציה מחייבת שני תנאים שאינם ברירת מחדל: גישה לאדמין שופיפיי וגישה ספציפית לערוץ POS — שניהם מוגדרים ידנית בהגדרות Staff. עובד שחסר לו אחד מהשניים לא יוכל לעבד מכירות, גם אם האפליקציה מותקנת על המכשיר שלו.