במקום לנהל סיסמה ייעודית לכל חנות, לקוח יכול להתחבר דרך חשבון קיים שלו אצל ספק זהות מאומת. Shopify תומכת בכמה שירותי כניסה מובנים (Shop, Google) וכן ב-Generic OAuth 2.0 שמאפשר חיבור לספקי SSO ארגוניים. כשהלקוח מתחבר דרך שירות חיצוני, Shopify מקבלת token מאומת מהספק ולא רואה את הסיסמה עצמה.
בחנויות B2B ישראליות שמשרתות רשתות קמעונאיות או עסקים עם מערכות זהות ארגוניות (כמו Azure AD), הגדרת Login service מבוסס OAuth מאפשרת ל-Shopify להשתלב חלקה בתשתית IAM קיימת — הלקוח מתחבר עם אישורי הארגון שלו, וה-session בחנות נוצר אוטומטית. חשוב לבדוק שה-redirect URI מוגדר נכון ושהספק מחזיר email מאומת, כי Shopify מזהה חשבונות לפי כתובת האימייל.