Shopify מאפשרת לחנויות לשלב שירותי כניסה חיצוניים כחלק ממנגנון ה-Customer Accounts. כאשר לקוח מתחבר דרך שירות חיצוני, Shopify מקבלת אסימון זהות (identity token) מאותו שירות, מאמתת אותו, ומקשרת אותו לחשבון הלקוח בחנות. כך הלקוח לא צריך לנהל סיסמה נפרדת לכל חנות, והחנות מקבלת הזדהות מאובטחת בלי לאחסן סיסמאות בעצמה.
בחנויות ישראליות כדאי לשקול שימוש בשירותי כניסה בעיקר כשהחנות מכוונת לקהל רחב שמוכן להשתמש בחשבון Google או Shop. עם זאת, בחנויות B2B או כאלה שדורשות אימות מחמיר של זהות (כגון מכירת מוצרים מוגבלי גיל), כניסה עצמאית עם אימות אימייל עשויה להיות מתאימה יותר מאחר ששירותי SSO חיצוניים לא תמיד מאמתים את פרטי הלקוח מעבר לכתובת האימייל.