תחת Settings → Payments → Manual payment methods, הסוחר מוסיף אמצעים שדורשים אישור ידני: Bank transfer (לקוח מעביר, סוחר מאמת ידני), COD (תשלום במזומן בעת מסירה), Money order. לקוח בוחר בקופה, סוחר מאשר אחרי שהכסף התקבל.

בחנות ישראלית B2B, Bank transfer נפוץ: לקוחות עסקיים מעבירים בהעברה בנקאית. נוהל: סקירה יומית של חשבון בנק, אישור הזמנה ב-Shopify (Mark as paid) רק אחרי שקיבלת. בלי משמעת, הזמנות נשארות 'Pending' — הסוחר חושב שלא שולמו, הלקוח חושב ששולם.