ב-Shopify POS המנגנון הזה מאפשר לקופאי לקבל תשלום חלקי מאמצעי תשלום אחד ולהמשיך לאמצעי נוסף עד שהסכום מאוזן במלואו. כך לקוח יכול לשלם חלק במזומן, חלק בכרטיס מתנה, וחלק בכרטיס אשראי — כל זה בתוך עסקה אחת ומחוברת להזמנה אחת. היסטוריית ה-payment transactions שמורה בהזמנה ומאפשרת זיהוי מדויק של כל אמצעי תשלום לצורך ביטול או החזר.
בחנויות ישראליות שמשתמשות ב-POS חשוב לבדוק שמנגנון ההחזרה (refund) עובד נכון בתשלום מפוצל — ה-החזר צריך לחזור לאותו אמצעי תשלום שבו שולם. החזר לכרטיס אשראי ישראלי עשוי לדרוש סליקה נפרדת מול ספק הסליקה, בעוד שהחזר לקרדיט חנות או לכרטיס מתנה הוא מיידי ומנוהל כולו בתוך שופיפיי.