המונח onboarding מופיע בכמה הקשרים בשופיפיי: פתיחת חנות חדשה (הגדרת מטבע, שפה, מדיניות משלוח), הצטרפות ל-Shopify Payments (אימות עסקי, פרטי בעלים, חשבון בנק ומסמכים רגולטוריים), או התקנת אפליקציה שדורשת תהליך הגדרה ראשוני. בכל אחד מהמקרים מדובר בזרימה מובנית שמסתיימת כשהשירות פעיל ומוכן לשימוש.
בישראל ה-onboarding ל-Shopify Payments אינו זמין — שופיפיי לא מפעילה את שירות הסליקה הפנימי שלה בישראל, ולכן סוחרים ישראלים עוברים תהליך onboarding אצל ספקי סליקה חיצוניים (פאי, Grow, קארדקום ואחרים). עם זאת, ה-onboarding של החנות עצמה — שפה, מטבע ש"ח, אזורי משלוח, ומדיניות החזרות — חייב להיעשות בשלב הראשון לפני שמוסיפים מוצרים ומתחילים לפרסם.