דומיין חנוי הוא דומיין שה-DNS שלו לא מצביע לשום שרת תוכן פעיל — לא חנות, לא דף נחיתה, לא אימייל. ב-Shopify ניתן לרשום דומיין דרך ממשק האדמין ולהשאיר אותו במצב זה בכוונה: למשל כאשר מחזיקים כמה גרסאות של שם המותג (.co.il, .com, .store) ורוצים שאף מתחרה לא יקנה אותן, או כאשר חנות ישנה נסגרת אך לא רוצים לוותר על הדומיין לגמרי.
בחנות ישראלית כדאי לשים לב שדומיינים חנויים עדיין עולים בתשלום חידוש שנתי — Shopify לא מוותרת על הגבייה גם אם הדומיין לא בשימוש. בנוסף, דומיין .co.il לא ניתן לרישום ישיר דרך שופיפיי ומנוהל דרך רשם ישראלי כמו Domains.co.il; במקרה זה החניה מנוהלת אצל הרשם ולא בממשק שופיפיי.