Shopify מפרידה בין מספר סוגי חיובים: דמי מנוי קבועים (Basic, Shopify, Advanced, Plus), עמלות עסקאות כשלא משתמשים ב-Shopify Payments, חיובי אפליקציות (מנויים חודשיים ו-usage-based), ועלויות Shopify Email או Shopify Markets. כל אלה מופיעים בחשבונית אחת מאוחדת בסוף תקופת החיוב, וניתן לצפות בה תחת Settings → Billing בממשק האדמין.
בחנויות ישראליות יש שים לב לכמה פרטים: Shopify גובה בדולרים אמריקאיים, כך שהסכום בפועל על כרטיס האשראי תלוי בשערי ההמרה ועמלות הבנק. כמו כן, החשבוניות של Shopify עצמה הן בפורמט בינלאומי ולא עומדות בדרישות חוק חשבוניות ישראלי — לצרכי ניהול ספרים ודו"חות מס יש לרשום אותן כהוצאה ממסמך חוץ.