Payment customization רצה כ-Shopify Function — קוד WebAssembly שמורץ בתשתית של Shopify ברגע שהלקוח מגיע לשלב התשלום בקופה. הפונקציה מקבלת את הקונטקסט של ההזמנה ומחזירה הוראות: הסתר שיטה מסוימת, שנה את שמה, העבר לראש הרשימה. זה מאפשר לוגיקה כמו "הצג תשלום בהעברה בנקאית רק להזמנות מעל 500 ש"ח" או "הסתר PayPal לכתובות בישראל".
בחנויות ישראליות Payment customization שימושי במיוחד לניהול שיטות תשלום שונות עבור לקוחות B2B לעומת B2C — למשל להציג אפשרות "שוטף פלוס 30" רק ללקוחות עסקיים מזוהים, או להסתיר תשלום בכרטיס אשראי בעסקאות מעל סכום מסוים בהתאם לנהלי החנות. חשוב לדעת שהפונקציה דורשת Shopify Plus לשימוש בפרודקשן.