ב-Shopify קיימים שני הקשרים שונים למונח: אמצעי תשלום של לקוח בעמוד הקופה (Checkout), ואמצעי תשלום של הסוחר עצמו לחיוב תכנית המנוי וחיובי פלטפורמה. ניהול ספקי הסליקה ללקוחות נמצא תחת Settings → Payments, ושם ניתן להגדיר Shopify Payments, PayPal, ואפשרויות תשלום חלופיות כמו העברה בנקאית או שיק — כל אחת עם עמלות ותנאי שונים.
בחנויות ישראליות נפוצים ספקי סליקה כמו Hyp (היפ), Grow (גרו) ו-Cardcom (קארדקום), המחוברים כ-Payment gateways חיצוניים. חשוב לעקוב אחרי תוקף כרטיס האשראי שמחובר לחשבון שופיפיי עצמו — כשכרטיס פג תוקף, Shopify מתחילה לשלוח התראות ובסופו של דבר מקפיאה את החנות. מומלץ לרשום בלוח השנה תזכורת חודש מראש לפני תאריך פקיעת התוקף.