יש להבחין בין שני סוגי אמצעי תשלום בהקשר של שופיפיי: אמצעי תשלום של הלקוח הקצה (שמוצגים בקופה) לעומת אמצעי התשלום של הסוחר עצמו מול Shopify — הכרטיס שגובים ממנו את דמי המנוי החודשיים, עמלות אפליקציות ותשלומי פרסום. ניהול אמצעי התשלום מול Shopify נמצא תחת Settings → Billing, ושינוי של הכרטיס שם לא קשור כלל לאמצעי הסליקה שהלקוחות רואים בחנות.
בחנויות בישראל שיש להן מספר מיקומים, עובדים או שותפים עם גישה ל-Admin, חשוב לדעת מי הבעלים של חשבון החיוב — רק Owner (בעל החנות) יכול להוסיף או להסיר כרטיס חיוב. לפני כל שינוי של Payment method כדאי לוודא שיש חשבוניות ארכיון לצורך הנהלת חשבונות מקומית, ולבדוק שהכרטיס החדש מאפשר חיובים בינלאומיים (Shopify גובה בדולרים).