PayPal Express Checkout מופיע בחנות Shopify בשני מקומות: כפתור מהיר בעמוד המוצר ובעגלה (שמדלג על שלבי הקופה הרגילים ומושך את פרטי המשלוח ישירות מחשבון ה-PayPal של הלקוח), וכאפשרות תשלום רגילה בתוך תהליך הקופה עצמו. הלקוח מאומת על ידי PayPal ולא צריך להזין כרטיס אשראי ידנית, מה שמקצר את תהליך הרכישה ומפחית נטישת קופה.
בחנויות ישראליות PayPal Express Checkout נפוץ כאפשרות משלימה לצד ספק סליקה מקומי — רבים מהלקוחות מעדיפים לשלם עם כרטיס אשראי ישראלי דרך שב"א ולא דרך PayPal. כדאי לבדוק שהמטבע המוגדר בחשבון ה-PayPal העסקי תואם למטבע החנות (שקל / ש"ח), כדי למנוע המרות כפולות שגוררות עמלות מיותרות ובלבול בתמחור.