כאשר מבצעים קיבוץ של מספר חנויות תחת ארגון Shopify אחד, המערכת שומרת על store permissions קיימות — כלומר, גישה של משתמש לחנות ספציפית ולפונקציות שלה נשארת בעינה. לעומת זאת, organization permissions (הרשאות שמאפשרות גישה לממשק הניהול הארגוני, לדוחות מרוכזים או לניהול משתמשים על פני חנויות מרובות) מוסרות אוטומטית בתהליך הקיבוץ ויש להעניק אותן מחדש באופן מפורש.
בחנויות ישראליות שמנהלות כמה מותגים או שווקים תחת ארגון Shopify אחד, זה אומר שאחרי קיבוץ כדאי לעבור על כל המשתמשים הארגוניים ולוודא שהגדרות ה-organization permissions עודכנו — במיוחד עבור מנהלי IT, רואי חשבון ומנהלי שיווק שצריכים גישה לנתונים ממספר חנויות בו-זמנית.