אפליקציית ה-POS של שופיפיי מחברת בין המכירה הפיזית לחנות הדיגיטלית תחת מערכת אחת: מלאי משותף, פרופיל לקוח אחיד, דוחות משולבים. היא תומכת בחומרת Shopify (קורא כרטיסים, מדפסת קבלות, מגירת מזומנים) ובתוספים של צד שלישי דרך POS app extensions. שתי תוכניות מנוי: POS Lite (כלול בכל פלאן) ו-POS Pro (מיקומים מרובים, הרשאות עובד מתקדמות, קליטת מלאי).
בהקשר הישראלי, חשוב לבדוק ש-POS מוגדר נכון בכל פעם שמשנים ספק סליקה, מוסיפים מיקום, מחליפים חומרה או מעדכנים את האפליקציה — כפי שמציין המאמר, תהליך שעבד ביום ההשקה יכול להישבר אחרי שינוי קטן. בנוסף, חוקי הפקת קבלות ואישורי תשלום בישראל שונים מהמחדל הגלובלי, ולכן מדיניות החזרות ותבנית הקבלה מחייבות הגדרה מפורשת.