ב-Shopify POS כל עובד מזדהה עם PIN אישי, וה-PIN מקושר לפרופיל הרשאות ספציפי שהוגדר על ידי האדמין. ההרשאות מחולקות לפעולות רגישות: החזר כספי, עריכת מחיר, מתן הנחה מעל סף מסוים, גישה לדוחות מכירה, ופתיחת תא מזומנים. עובד ללא הרשאה מסוימת יצטרך לקרוא למנהל שיזין את ה-PIN שלו לצורך אישור חד-פעמי — מנגנון שנקרא "override".
מבחינה תפעולית בחנויות ישראליות, חשוב להגדיר PIN נפרד לכל איש צוות ולא לשתף קוד אחד לכולם. שיתוף PIN הופך את יומן הפעולות לחסר משמעות — לא ניתן לדעת מי ביצע החזר או נתן הנחה. האדמין יכול לשנות PIN לעובד ישירות מ-Shopify Admin מבלי שהעובד ידע את הקוד הקודם, מה שמאפשר ניהול גישה מהיר גם בעת סיום העסקה.