בתהליך הנחת פריט ב-Shopify POS, לקופאי יש שלוש דרכים להגדיר הנחה: הזנת אחוז, הזנת סכום הנחה קבוע, או הזנת Price after discount — המחיר הסופי הרצוי. האפשרות השלישית שימושית כשסוחר רוצה לעגל מחיר לסכום נקי (למשל 50 ₪ בדיוק) מבלי לחשב כמה אחוז להוריד מהמחיר המקורי. לאחר לחיצה על Apply, העגלה מתעדכנת אוטומטית עם המחיר החדש.
חשוב לדעת ש-Gift cards (כרטיסי מתנה) מוחרגים מהנחות אחוז בעגלה ב-Shopify POS — אך מגבלה זו לא תמיד מוצגת בצורה בולטת בממשק. בחנויות פיזיות ישראליות שמשתמשות ב-POS כדאי לוודא שהצוות מאמון על ההבדל בין שלושת סוגי ההנחה, כדי למנוע טעויות בסגירת קופה או בדיווח מס.