ב-Shopify POS כל פעולה רגישה מוגנת ברמת הרשאת תפקיד (role permission) ולא רק ברמת PIN. שינוי מחיר ידני הוא אחת הפעולות הרגישות ביותר — הוא מאפשר לעובד לגבות מחיר שונה מהמחיר הרשום במערכת, בין אם להנחה חד-פעמית ובין אם להתאמה ללקוח VIP. בלי ניהול הרשאות תקין, כל עובד שיודע את ה-PIN שלו עשוי לשנות מחירים בלי פיקוח.
בחנויות ישראליות שמשלבות חנות פיזית עם חנות אונליין, חשוב לזכור ש-Price override ב-POS לא משנה את מחיר המוצר בקטלוג — הוא חל על אותה עסקה בלבד. לכן הוא לא יגרום לחוסר עקביות במחירים המוצגים לקהל הרחב, אבל כן ישפיע על הדוחות הפיננסיים. מומלץ לחייב אישור מנהל לכל שינוי מחיר ולפקח על הפעולות הללו בדוח הטרנזקציות של שופיפיי POS.