כל חנות שופיפיי חייבת להגדיר אמצעי תשלום ראשי תקף תחת Settings → Billing. זהו האמצעי שממנו נגבים תשלומי המנוי החודשי, דמי אפליקציות, תוספים כמו Shopify Shipping, ועמלות Shopify Payments אם רלוונטי. אפשר להגדיר גם אמצעי גיבוי (backup payment method) שמופעל אוטומטית אם החיוב הראשי נכשל.
בחנויות ישראליות שמשלמות ל-Shopify בדולרים, כדאי להשתמש בכרטיס אשראי עסקי עם המרת מטבע נמוכה או כרטיס שמאפשר חיובים בדולר ישירות. כישלון בחיוב האמצעי הראשי מוביל להקפאת החנות אחרי כמה ניסיונות — לכן חשוב לעדכן אותו לפני פקיעת הכרטיס ולא לחכות לאימייל אזהרה מ-Shopify.