ב-Shopify POS עסקת מכירה מורכבת מכמה שלבים עיקריים: הוספת מוצרים מהקטלוג (או Custom sale למוצר שאינו במלאי), הגדרת Custom fee לחיוב נפרד כמו עלות שירות, החלת הנחה ברמת פריט או עגלה, הסרת מס לפי סוג לקוח, וסגירת התשלום. בסיום אפשר להדפיס קבלה, לשלוח אותה במייל, להפיק Gift receipt לרכישת מתנה, או לשלוח את העגלה ללקוח לסיום הרכישה מרחוק.
בחנויות ישראליות עם POS חשוב לוודא שהמע"מ מוגדר נכון לפני שמתחילים עסקאות — שופיפיי מאפשרת להסיר מס בודד מפריט ספציפי, אבל הגדרת שיעור המס הבסיסי (17%) חייבת להיות נכונה מראש בהגדרות החנות. בנוסף, הדפסת קבלה מחדש (Reprint receipt) שימושית מאוד לתיעוד חשבונאי, אך אינה תחליף לחשבונית מס רשמית הנדרשת בישראל.