Shopify תומכת בחבילות מוצרים דרך אפליקציית Shopify Bundles הרשמית (חינמית) או דרך אפליקציות צד שלישי. ישנם שני סוגים עיקריים: Fixed bundle — סט קבוע מראש שנמכר כיחידה אחת, ו-Mix & Match bundle — הלקוח בוחר רכיבים מתוך רשימה מוגדרת. לכל סוג יש השפעה שונה על ניהול המלאי: ב-Fixed bundle המלאי מנוכה מכל רכיב בנפרד ברגע הרכישה.
בחנויות ישראליות החבילות הן כלי פופולרי לקמפיינים עונתיים (ראש השנה, חנוכה, פסח) ולניקוי מלאי עונתי. נקודת תשומת לב קריטית: אם מוצר אחד בחבילה נגמר במלאי, החבילה כולה מסומנת כ-out of stock אצל שופיפיי — לכן כדאי לנטר מלאי רכיבים בנפרד ולהגדיר התראות מלאי מוקדמות לרכיבים שנמצאים בחבילות פעילות.