דומיין השורש הוא הרמה הגבוהה ביותר שבשליטת הסוחר: `example.com` הוא Root domain, ואילו `shop.example.com` הוא תת-דומיין שלו. ב-Shopify, חיבור ה-Root domain לחנות דורש עדכון של רשומות ה-DNS ברמת הדומיין הראשי — בדרך כלל רשומת `A` שמצביעה לשרתי Shopify ורשומת `CNAME` עבור `www`. שינויים אלה משפיעים על כל הדומיין, ולכן דורשים זהירות.
בפועל, סוחרים ישראלים רבים בוחרים לחבר את החנות דווקא כתת-דומיין (`shop.example.co.il`) כדי לשמר אתר תוכן קיים בדומיין הראשי — בלוג, אתר תדמית, או מערכת ניהול. כך אפשר לשנות רק את רשומת ה-DNS של התת-דומיין מבלי לסכן שירותים אחרים שתלויים ב-Root domain, כמו אימיילים עסקיים שמוגדרים עליו.