כל ערוץ מכירה ב-Shopify הוא למעשה אפליקציה שמתחברת למלאי, למחירים ולקטלוג של החנות ומציגה אותם בפלטפורמה חיצונית. כך ניתן לנהל מלאי מאוחד שמתעדכן בו-זמנית בחנות האונליין, בדוכן הפיזי (POS) ובחנות האינסטגרם, מבלי לנהל מספר מערכות נפרדות. ה-Admin מאפשר להגדיר אילו מוצרים פעילים בכל ערוץ בנפרד.
בישראל ערוצי המכירה הנפוצים הם Online Store (החנות האונליין), Shopify POS לנקודות מכירה פיזיות, ואינטגרציות לפייסבוק ואינסטגרם. חשוב לדעת שמחירים, הנחות ושיטות משלוח יכולים להיות שונים בין ערוצים — למשל מחיר מיוחד לנקודת מכירה פיזית לעומת החנות האונליין — ושאפשר לשלוט בזה מתוך Shopify בלי אפליקציות נוספות.